国家体育总局由国家体委改组而成。为了规范国务院行政机构的设置，加强编制管理，提高行政效率，1998 年3 月24 日，国务院第一次全体会议讨论通过了《国务院机构设置和调整国务院议事协调机构方案》，将国务院体育行政部门的名称确定为“国家体育总局”，由国家体委改 组而成，列入国务院行政机构的第三序列——国务院直属机构（原来的国家体委属国务院行政机构第二序列）。1998 年4 月6 日，国家体育总局转发了《国务院办公厅关于启动国家体育总局印章的通知》，并宣布新印章自发文之日起启用。同日上午，国家体育总局举行了挂牌仪式。从此， 国家体育总局正式登上历史舞台。

随之，地方政府的体育行政管理机构也随之调整了部分职能，省级政府一般都撤销了省市体委而改设体育局。